南帝北丐2中加入不同的门派可以学习不同门派的武功，武功的搭配也正是这款游戏的核心玩法之一。所有玩家入门门派都会是桃花岛，学习一些入门的武功，来初步了解起手、终结、群攻等武功效果。然后会在14级出现新的门派可以选择：古墓、全真和逍遥。达到50级，就可以选择更高级的门派了：武当、华山和逍遥。之后的门派就需要更高的等级了，敬请期待了。
当你选择了一个主门派后，也可以通过其他门派的门派推荐信，进入其他门派学习武功，但是只有主门派的武功可以升级，副门派只能升级心法，而武功是只有1级的。正因为是这样也增加了武功的搭配效果，让你在战斗中有更多的选择。
南帝北丐2中桃花岛武功主要有：兰花拂穴手(外功-起手)、落英神剑掌(外功-终结)、碧海潮生曲(内功-终结)、凝神归元(被动)。
从桃花岛的武功就可以看出，这些只是一些入门的基础武功，能够让你了解到起手—终结，外功—内功，以及被动技能的作用。基本的心法也是没有的。
14级之后的门派才是南帝北丐2的精髓，全真(单攻)，古墓(群攻)，逍遥(辅助)，三大门派个个都很厉害。
